Ұйымдастыру-әдістемелік бөлімі жүзеге асырады:

- АИТВ жұқпасының алдын алу, диагностикалау мәселелері бойынша іс-шараларды ұйымдастыру және үйлестіру, АИТВ жұқтырғандар мен ЖИТС-пен ауыратындарды емдеу; 
- ведомстволардың медициналық ұйымдары және медициналық қызметтеріне және Қазақстан Республикасының Білім және ғылым министрлігінің оқу бөлімдеріне, Қазақстан Республикасының Еңбек және әлеуметтік қорғау министрлігіне ұйымдастыру-әдістемелік көмек көрсету; 
- АИТВ жұқпасы бойынша мәселелерді үйлестіру кеңестерінде, алқаларда қарастыру; 
- жергілікті атқару органдарымен, денсаулық сақтау басқармасы органдарымен, түрлі ведомстволар мен қоғамдық бірлестіктермен бірлесіп АИТВ жұқпасы мәселелері бойынша алдын алу бағдарламаларын әзірлеуге қатысу; 
- АИТВ жұқпасына осал топты тұрғындар үшін алдын алу бағдарламаларының тиімділігін мониторингілеу және бағалау; 
- АИТВ/ЖИТС мәселелері бойынша мемлекеттік және өңірлік бағдарламаларды іске асыру мониторингі; 
- тұрғындарды АИТВ жұқпасының таралу жолдары мен жұқтырудың алдын алу әдістерімен ақпараттандыру, санитарлық-ағарту жұмыстарын жүргізу, ақпараттық-білім беру материалдарын шығару және тарату; 
- түрлі ведомстволардың мамандарын, орта және жоғары оқу орындарының педагогтары мен мектеп оқушыларын оқытуды ұйымдастыру;     
- медициналық қызметкерлерге арналған семинарларды ұйымдастыру және өткізу. 

Бөлім меңгерушісі - жоғары санатты білікті дәрігер Айтмағанбетқызы Жанна, байланыс телефоны: 38-04-71.